Удаление организации или сторонней компании возможно, только если она не фигурирует ни в одном из документов.
Удаление организации возможно, если она не не используется ни в одном из подразделений. В противном случае, предварительно открепите её от подразделения, зачистив поле Организация или выбрав в нем другую организацию.
В перечне удалите соответствующую запись в таблице.
Либо на карточке Компания сделайте следующее.